我们推荐Norgen Animal 组织RNA提纯试剂盒(产品目录号#25700)。通常,合格的组织RNA提取试剂盒都可以达到较好的预期。
FFPE提取首选试剂盒是Qiagen All-Prep (gDNA和RNA试剂盒)(产品目录号#80234)。我们在自己实验室里成功测试了Stratagene Absolutely RNA FFPE试剂盒(产品目录号 400809)从淋巴结切片中提取RNA,据我们所知其他研究人员已经使用该试剂盒处理肾活检FFPE样本。一般来说,只要按照说明书操作,一般商品化试剂盒均能达到目标。我们建议使用FFPE专用的试剂盒处理FFPE样本。
当细胞计数大于5×10 ^ 5但不超过1×10 ^ 7每单位时,我们推荐Qiagen Rneasy Mini试剂盒(产品目录号#74104),当细胞计数小于5×10 ^ 5时推荐使用Qiagen Rneasy Micro试剂盒(产品目录号#74004)细胞计数小于5×10 ^ 5。如果您只有几百个细胞,请与我们联系咨询iPair服务,是您项目的一个很好选择。
FFPE提取的RNA可以使用。如果RNA有点降解(RIN值在3和5之间),我们建议使用我们的短读取片段引物。如果RIN>5,可以使用长读取片段引物。当RIN值小于3时,说明样品RNA降解太厉害不能使用。
一般来说,推荐RIN值>7。然而,我们发现短读取片段引物也可以使用RIN>3的RNA样本,长读取片段引物可以使用RIN>5的样本。
因RNA相比DNA更容易降解,所以必须使用无RNA酶的试剂、材料,使用专门用于去除RNA酶的清洁剂清洁PCR区域,以去除周围环境中的RNA酶的污染。避免反复冻融RNA,建议最多复融3次。如果您有多个实验计划需要该样本,建议在提取后立即对RNA进行分装冻存。有关RNA处理的更多信息,请参阅本网站>产品>产品订购>选择指南>样本类型。
当您从500个细胞或更少的细胞中提取RNA时推荐使用Carrier RNA。为防止RNA在提取过程中损耗,RNA提取前将Carrier RNA先加入到样品中。如果使用Carrier RNA,原始样品的RNA浓度将难以准确评估。因此对于细胞计数很低的样品,我们建议您以较小的体积洗脱RNA以增加洗脱的RNA浓度。如果您的细胞量非常少,请与我们联系iPair服务。