大多数TCR由α和β肽链组成,少数T细胞的TCR由γ和δ肽链组成。每条肽链又可分为可变区(V区),恒定区(C区),跨膜区和胞质区等几部分,而α和β两条肽链的V区(Vα、Vβ)又各有三个高变区CDR1、CDR2、CDR3,其中以CDR3变异最大,直接决定了TCR的抗原结合特异性。TCR的CDR3由V、D、J三个基因编码,在淋巴细胞的成熟过程中,通过V、D、J基因的重排形成了各种重组序列片段,再加上DNA碱基的SNP、Indel突变形成了T细胞的多样性。
BCR由两条重链和两条轻链连接而成,其中重链分为可变区(V区)、恒定区(C区)、跨膜区及胞质区;轻链则只有V区和C区。V区由VH和VL两个结构域组成,它们各由三个互补决定区(CDR1、CDR2和CDR3)组成,CDR的氨基酸组成和排列顺序呈现高度多样性,在同一个体内,可高达109~1012,构成容量巨大的BCR库,赋予个体识别各种抗原、产生特异性抗体的巨大潜能,这三个CDR均参与对抗原的识别,共同决定BCR的抗原特异性。