考虑同一测序通道内可能存在多个客户的文库,我们提供拆分后的数据(非原始测序数据)。如果您是独立的测序通道,可获得原始测序数据。
我们建议使用Nanodrop或类似设备检测每个文库产物的浓度,条件许可的话尽可能使用凝胶电泳或片段分析仪进行产物分析。在基于浓度信息合并文库(将不同条码标记的不同样本混合到一个测序反应)中,最重要的步骤是获得该合并文库的准确浓度。对于合并文库通常使用基于荧光强度检测的Qubit测量精确的浓度,我们也在片段分析仪上分析少量的合并文库。目前获得准确浓度的最好的方法是将合并文库产物通过Kapa qPCR进行分析,因为它能模拟流动槽的分析过程。
由于iRepertoire文库是一个靶向测序分析,本质上多样性比较低。PhiX spike-in可增加混合文库的多样性,并有利于Illumina软件准确区分单个样本文库。
首选RNA作为起始模板用于构建免疫特异性的cDNA模板有两个优点:第一,使用RNA模板可允许我们在反应中最大限度的地添加特定的模板数量。第二,使用RNA模板可以过滤掉没有用于重组的V和J片段。如果我们的引物与这些额外的V和J片段结合将产生背景扩增,并且大量消耗用于扩增V(D)J重排区域的引物。
我们建议使用我们的引物来合成cDNA,而不是使用poly dT引物或随机引物。因为使用iRepertoire的引物相比使用其它引物,可以合成更多的免疫组特异性的cDNA。
是的,条件允许情况下每个反应使用尽可能多的RNA模板。 如果您使用未经过细胞分选的全血、组织的RNA(提取的RNA浓度≥35 ng/µL),我们建议使用1μg。 如果您使用的是PBMC的RNA(提取的RNA浓度≥35 ng/µL),我们建议使用300-500 ng。 如果您使用分选后细胞的RNA(提取的RNA浓度≥15 ng/µL),我们建议使用500 ng(A260/280 ≥1.8)。
对于分离后的细胞保存,我们推荐使用Qiagen RNAprotect细胞保存试剂(产品目录号#76526)。该试剂保存的样本可以在2-8℃下保存1周,因此样本转运到实验室可以只用冰袋保存。用于iPair服务的分选细胞也可以使用该试剂保存运输。 对于组织样本的保存,我们建议用Qiagen RNAlater(产品目录号#76106),样本在2-8℃下保存时间可长达4周。 不同标本的保存具体要求,请参考试剂的产品说明。