FFPE提取的RNA可以使用。如果RNA有点降解（RIN值在3和5之间），我们建议使用我们的短读取片段引物。如果RIN＞5，可以使用长读取片段引物。当RIN值小于3时，说明样品RNA降解太厉害不能使用。
一般来说，推荐RIN值＞7。然而，我们发现短读取片段引物也可以使用RIN＞3的RNA样本，长读取片段引物可以使用RIN＞5的样本。
因RNA相比DNA更容易降解，所以必须使用无RNA酶的试剂、材料，使用专门用于去除RNA酶的清洁剂清洁PCR区域，以去除周围环境中的RNA酶的污染。避免反复冻融RNA，建议最多复融3次。如果您有多个实验计划需要该样本，建议在提取后立即对RNA进行分装冻存。有关RNA处理的更多信息，请参阅本网站>产品>产品订购>选择指南>样本类型。
当您从500个细胞或更少的细胞中提取RNA时推荐使用Carrier RNA。为防止RNA在提取过程中损耗，RNA提取前将Carrier RNA先加入到样品中。如果使用Carrier RNA，原始样品的RNA浓度将难以准确评估。因此对于细胞计数很低的样品，我们建议您以较小的体积洗脱RNA以增加洗脱的RNA浓度。如果您的细胞量非常少，请与我们联系iPair服务。
请参阅我们的细胞分选和RNA提取指南。该指南用于指导如何获取用于arm-PCR扩增的模板RNA，同时包括了关于各种细胞类型的细胞计数和如何使用磁珠进行筛选等基本信息。
我们建议使用BD的K2-EDTA抗凝管（紫头管）进行常规采血（血液样本应在24—48小时内处理）。如果您需要离心，也可以使用BD的CPT管。我们也曾使用PaxGene管或Tempus管进行RNA提取并获得了较好的结果。应避免使用肝素抗凝管（绿头管），其对后续的RNA提取可能有抑制作用。
这取决于您的研究方案。为了让我们的引物体系作用于更多的受体，我们并不需要分选细胞。细胞类型可以是外周血白细胞、PBMC，或组织RNA。基本上，任何一个有T细胞或B细胞的样本，我们都有一个对应的样本扩增实验流程。细胞分选可以减少RNA的加样量，因为经分选的细胞中免疫特异性RNA的量大于来自组织的RNA。来自组织的RNA可能含有少量的TIL和许多无关的RNA。iPair需要分选细胞，除非采用iRep的从冷冻保存的细胞中进行细胞分选和单细胞分离至平板服务。