首选RNA作为起始模板用于构建免疫特异性的cDNA模板有两个优点：第一，使用RNA模板可允许我们在反应中最大限度的地添加特定的模板数量。第二，使用RNA模板可以过滤掉没有用于重组的V和J片段。如果我们的引物与这些额外的V和J片段结合将产生背景扩增，并且大量消耗用于扩增V（D）J重排区域的引物。
我们建议使用我们的引物来合成cDNA，而不是使用poly dT引物或随机引物。因为使用iRepertoire的引物相比使用其它引物，可以合成更多的免疫组特异性的cDNA。
是的，条件允许情况下每个反应使用尽可能多的RNA模板。 如果您使用未经过细胞分选的全血、组织的RNA（提取的RNA浓度≥35 ng/µL），我们建议使用1μg。 如果您使用的是PBMC的RNA（提取的RNA浓度≥35 ng/µL），我们建议使用300-500 ng。 如果您使用分选后细胞的RNA（提取的RNA浓度≥15 ng/µL），我们建议使用500 ng（A260/280 ≥1.8）。
对于分离后的细胞保存，我们推荐使用Qiagen RNAprotect细胞保存试剂（产品目录号#76526）。该试剂保存的样本可以在2-8℃下保存1周，因此样本转运到实验室可以只用冰袋保存。用于iPair服务的分选细胞也可以使用该试剂保存运输。 对于组织样本的保存，我们建议用Qiagen RNAlater（产品目录号#76106），样本在2-8℃下保存时间可长达4周。 不同标本的保存具体要求，请参考试剂的产品说明。
我们推荐Norgen Animal 组织RNA提纯试剂盒（产品目录号#25700）。通常，合格的组织RNA提取试剂盒都可以达到较好的预期。
FFPE提取首选试剂盒是Qiagen All-Prep (gDNA和RNA试剂盒）（产品目录号#80234）。我们在自己实验室里成功测试了Stratagene Absolutely RNA FFPE试剂盒（产品目录号 400809）从淋巴结切片中提取RNA，据我们所知其他研究人员已经使用该试剂盒处理肾活检FFPE样本。一般来说，只要按照说明书操作，一般商品化试剂盒均能达到目标。我们建议使用FFPE专用的试剂盒处理FFPE样本。
当细胞计数大于5×10 ^ 5但不超过1×10 ^ 7每单位时，我们推荐Qiagen Rneasy Mini试剂盒（产品目录号#74104），当细胞计数小于5×10 ^ 5时推荐使用Qiagen Rneasy Micro试剂盒（产品目录号#74004）细胞计数小于5×10 ^ 5。如果您只有几百个细胞，请与我们联系咨询iPair服务，是您项目的一个很好选择。